La instrucción pública y el Seminario de formación sacerdotal arrancaron casi en paralelo en el tiempo de la nueva República. Fueron cerrados en un mismo proceso de oscurantismo, al producirse la ocupación haitiana de 1822. En ese año quedó clausurada también la Universidad de Santo Tomás de Aquino, Primada del Nuevo Mundo.

Al instaurarse la República soñada por Duarte, en 1844, se reabrió todo. No de inmediato, sino paulatinamente. El sistema de enseñanza comenzó dando paso a la educación “de las primeras letras”.

Esta ley, del 13 de mayo de 1845, determinó la creación de dos escuelas en las capitales de Provincias. Si la Diputación Provincial –estructura pública que combinaba municipios y gobernación provincial- lo entendía necesario, una de las dos escuelas se convertiría en “escuela primaria superior”.
Estas escuelas no funcionaron siempre por razones económicas. Esta ley, a su vez, sería modificada varias veces en el término de los tres años siguientes.

El 18 de septiembre de 1847 se determinó por Resolución del Poder Ejecutivo, abrir sendas clases de latinidad y matemáticas para ser dictadas por un docente español, el doctor José Antonio Obregón. La resolución, firmada por el presidente Pedro Santana, reconocía que la clase del idioma muerto, propio del uso en la Iglesia, estaba abierta.

A principios de mayo de 1848, a instancias de la Iglesia, se reabrió apoyado en una ley, lo que entonces fue denominado Colegio Seminario Mayor de Santo Tomás de Aquino. Al parecer, esta reapertura causó gran alegría, por lo que dice, en su Historia Eclesiástica de Santo Domingo, el padre Carlos Nouel. En esa ley, por cierto, se preveía la reapertura de la Regia y Pontificia Universidad, cerrada al entrar los haitianos. Extraño es, sin embargo, que la ley no cita la fundación de 1538, sino una Real Cédula Expedida en Aranjuez el 26 de mayo de 1747. De todas maneras, esta reapertura no se llevó a efecto por esos años.

De todos estos esfuerzos de la primera República por establecer un sistema de educación, quedó afianzado el Seminario. En el mismo no solamente se formaron los futuros sacerdotes al servicio de la Iglesia en el país, sino prominentes hombres públicos, pues desde un principio se contempló la necesidad de que este Colegio Seminario sirviese no solamente a la Iglesia.

Con el apoyo moral y económico de la Iglesia, este Colegio Seminario se mantuvo a lo largo de los tiempos, hasta hoy, cuando se denomina Seminario Pontificio Santo Tomás de Aquino.

Las escuelas públicas, en cambio, no sobrevivieron a los intentos de sostenerlas permanentemente abiertas. A lo largo del siglo XIX pueden leerse documentos en los cuales se habla de las penurias de los ayuntamientos, órganos públicos destinados a sostener estas escuelas. En la capital, con sus períodos de servicios e interrupciones, fue donde con más asiduidad rindieron sus frutos.

Una escuela, surgida del empeño privado, mantuvo una historia que todavía el país no le ha reconocido. Se trata del Colegio San Luis Gonzaga, fundado en 1866 por el Presbítero Francisco Xavier Billini.
De entre todas sus obras sobresalió el Colegio, aunque de ellas sólo han sobrevivido el hospital y el manicomio.

De sus aulas surgieron destacados dominicanos, como el diplomático y escritor Tulio M. Cestero. Principalísima figura egresada de esas aulas, lo fue también el médico Heriberto Pieter. A éste lo obligó el Padre Billini a estudiar. Tal revelación fue hecha por el propio filántropo y cirujano oncólogo, donante de una parte de su fortuna para construir áreas del hospital anticancerígeno bautizado con su nombre.
El padre Billini trajo al papá del médico, desde una de las Antillas menores. Esclavo manumiso, era técnico y manejaba un equipo de impresión adquirido por el sacerdote en el exterior. Aquí casó ese impresor y entre sus hijos se destacó Heriberto.

El papá no quería se dedicase a estudios formales. La escuela no se hizo para negros, le decía. Y conforme señala el médico, su papá quería hacerlo técnico impresor. A su entender, los negros fueron hechos para los oficios.
Discrepaban del papá del muchacho, tanto la abuela materna del futuro célebre médico como el padre Billini. En días durante los cuales faltaba a las aulas, Heriberto era procurado por el sacerdote.

Con el apoyo de la abuela, finalmente se logró vencer el prejuicio del papá. Pero este prejuicio retornó a su vida al iniciar los estudios médicos en el Instituto Profesional, precedente de la Universidad de Santo Domingo.

El padre Billini logró conseguirle plaza en la institución académica. Sin embargo, el propio rector lo atormentaba, interesado en lograr abandonase sus aulas.

Expresión pronunciada por el doctor don Apolinar Tejera en ocasión de sus encuentros, era que el latín volvía locos a los negros.

Al graduarse y no haberse vuelto loco, hizo pasantía en varios lugares del país.

Para su sorpresa, un día se sacó el premio mayor de la lotería. Con ese dinero se fue a Francia, y cursó, en la Universidad de París, la especialidad de cirugía oncológica. (quien escribe ha pensado siempre si realmente el azar puso este dinero en sus manos o fue obra caritativa del padre Billini). Pero el doctor Heriberto Pieter fue uno más entre los egresados del Colegio San Luis Gonzaga.

¿Por qué se mantuvo el Seminario y la vida del Colegio San Luis Gonzaga superó épocas de luchas fratricidas? Porque una recia voluntad determinó su permanencia. La instrucción pública en cambio, no tuvo continuidad hasta después de establecerse Rafael L. Trujillo en 1930.