En el fragor de la campaña electoral donde el doctor Joaquín Balaguer buscaba repostularse por cuarta vez, las Fuerzas Armadas y la Policía Nacional sometieron a la justicia al doctor José Francisco Peña Gómez, líder máximo del Partido Revolucionario Dominicano, acusado de injuriar y difamar a los institutos armados de la nación y violar la ley de expresión y difusión del pensamiento.
Al amparo de ese sometimiento Peña Gómez fue apresado a mediados de febrero del año 1977, por oficiales militares que se hicieron acompañar del Fiscal del Distrito, doctor Augusto César Canó González, quien ostentaba el rango de capitán de Navío de la Marina de Guerra (en licencia). Cuando las autoridades se presentaron a su residencia el dirigente perredeísta se resistió al arresto y advirtió que solo muerto me dejaré apresar. Esa actitud cambió horas más tarde, luego que dirigentes del PRD le recomendaran que aceptara el arresto.
La querella tuvo su origen en una denuncia de que el dirigente político había recibido informaciones de que el cadáver del agente policial Agustín María Roque Salcedo, que apareció muerto a cuchilladas en los alrededores de la Universidad Autónoma de Santo Domingo (UASD), había sido lanzado al lugar desde un vehículo militar. De inmediato el secretario de las Fuerzas Armadas, mayor general Juan René Beauchamps Javier, y el jefe de la Policía, general Neit Nivar Seijas, procedieron a someterlo a la justicia. En respuesta a una pregunta del autor de esta nota, quien a la sazón servía para el periódico Listín Diario, ambos jefes militares liberaron a Balaguer de la acción contra Peña Gómez, pero el dirigente perredeísta insistía en atribuir la paternidad del caso al entonces presidente de la República, con el propósito de provocar un conflicto entre el PRD y las Fuerzas Armadas Balaguer negó la imputación con esta afirmación: Yo no sé de eso es un asunto de las Fuerzas Armadas y la Justicia.
La responsabilidad del presidente Balaguer en el sometimiento se hizo más evidente con la respuesta de Beauchamps a una reacción del licenciado Luis Julián Pérez, que había formado su opositor Movimiento de Salvación Nacional, y calificó de improcedente la querella porque las Fuerzas Armadas, carecían de personalidad jurídica para tales fines. Si los políticos fueran sometidos cada vez que critiquen a un departamento del gobierno vivirían en la cárcel. Al respecto, el secretario militar afirmó que llevaría la acusación hasta las últimas consecuencias, ya que con las Fuerzas Armadas nadie puede jugar, expresó el alto militar. El Partido Quisqueyano Democrático (PQD) y su presidente, el exgeneral Elías Wessin y Wessin, se expresó en términos similares a los del presidente del (MSN), y el profesor Juan Bosch, presidente del Partido de la Liberación Dominicana (PLD), en cambio, dijo que la querella era una demostración del avance democrático de la nación, ya que en otros países los militares utilizan métodos diferentes.
Tres semanas después, a principios de marzo, por recomendación del presidente Balaguer, las Fuerzas Armadas y la Policía Nacional dejaron sin efecto la acusación contra Peña Gómez, quien había exculpado a los institutos castrenses de su apresamiento y sometimiento a la justicia.
Sobreseído el caso, Peña Gómez divulgó que había sido Franklyn Jiménez Bruján quien le había dado la información sobre el lanzamiento del cadáver de Roque Salcedo en la UASD, quien a su vez la había recibido del doctor Bienvenido López Deláncer. Sin embargo, Jiménez Bruján negó ante los investigadores oficiales haber hablado de eso, mientras López reveló que el líder perredeísta le confesó que no midió la repercusión de su denuncia.
Las relaciones de Peña y las Fuerzas Armadas mejoraron después de un encuentro celebrado en agosto de 1977, que encabezó Jacobo Majluta, en su condición de presidente del PRD, Beauchamps Javier y Nivar Seijas. En la reunión se acordó que los militares se comprometerían entregar el poder al PRD en caso de que ganaran las elecciones de 1978, el PRD tendría plena facultad de ganar el poder, de hacer todos los cambios que el nuevo gobierno estimare convenientes, mientras los militares reiteraron que no iban a tomar parte en la contienda electoral de mayo de ese año. La dirigencia perredeísta se comprometió, por su parte: a) no hacer ningún tipo de pronunciamientos que contribuyeran a dividir a las Fuerzas Armadas, b) a no explotar ningún germen de descontento entre los uniformados y c) cada vez que se produzca algún acto de represión militar contra perredeístas, los dirigentes del partido se dirigirán, ante todo, a sus superiores para que tomen las medidas de lugar.
A raíz de la muerte de Nivar Seijas, en febrero de 1982, Peña Gómez reiteró que el militar fue su amigo personal y que había tenido buenas relaciones con nosotros, los perredeístas; su muerte ha sido lamentable para el país. Afirmó más adelante que su gratitud estaba comprometida con Nivar, porque éste se había opuesto a varias tramas criminales en su contra. Yo creo que Nivar Seijas cumplió un papel de moderación dentro del gobierno del doctor Balaguer, y eso lo demuestra su oposición a la banda y su oposición al crimen.