Nació el 27 de enero de 1903 en Melbourne (Australia).

Cursó estudios en la universidad de esta ciudad y en la de Oxford donde, en colaboración con el fisiólogo Charles Sherrington, estudió el modo en que se transmiten las señales de una célula nerviosa a otra a través de los espacios llamados sinapsis.

Pasó, desde 1937 hasta 1966 como profesor en Australia y Nueva York. Este último año pasó a ser miembro del Instituto para la Investigación Biomédica de la American Medical Association de Chicago.

En 1968 se incorporó a la facultad de la Universidad Estatal de Nueva York en Buffalo.

Le otorgaron en 1963 el Premio Nobel de Fisiología y Medicina, que compartió con los biofísicos británicos Alan Lloyd Hodgkin y Andrew Fielding Huxley.

John Eccles falleció el 2 de mayo de 1997 en Locarno, Suiza.