Los trinitarios se apartaron del sector conservador apenas tres meses después de la separación de Haití. Santana llegó a la capital y se autoproclamó presidente, simultáneamente, los pueblos del Cibao proclamaron a Duarte como Presidente de la República.

En este período crucial, el día 24 de julio 1844 se leyó en todas las iglesias una carta pastoral que amenazaba con la “excomulgación mayor” a todo el que se opusiera a Santana.

Inicialmente, la iglesia colaboró con el movimiento separatista, para expulsar a los haitianos, quienes habían confiscado todas sus propiedades; suspendido el pago a sacerdotes y capellanes, además introdujeron la masonería, -declarada por la jerarquía eclesiástica como incompatible con la fe cristiana.

Iniciada la confrontación, la iglesia (de vocación monárquica) conspiró junto a los que buscaban un protectorado o anexión, amedrentando a los fieles que se movilizaban en esos días en apoyo a Duarte. Con la excomulgación ipso facto del Patricio, quedó mermado el respaldo a los Trinitarios, quienes luego pasarían a ser declarados como “infieles a la patria”.

Duarte, al igual que todos los trinitarios era masón, además su condición de hombre soltero sin hijos, en esa época debió valerle toda clase de estigma y discriminación. Se conoce que una vez relevado de las fuerzas militares en la campaña del sur, fue difamado con montar a caballo en silla de mujer y cubrirse con sombrillas.

Las diferencias estratégicas entre la iglesia y el gobierno de Pedro Santana (también masón) agudizaron, al negarse este a devolver los bienes incautados. En la misma sala del Congreso, el arzobispo Portes se negó a jurar por una Constitución que no fuese confesional bajo el alegato de que era un “enviado de Dios”. Finalmente fue deportado del país.

La iglesia, propició décadas de dictaduras conservadoras, hasta que los liberales dirigidos por Gregorio Luperón lograron derrotarlos, e introducir nuevos cambios entre las cuales se incluyó una auténtica revolución en la Educación Dominicana: pública, laicista, científica, y respetuosa de los derechos humanos de la mujer y la juventud.