De la misma forma que para las elecciones de 2004, monseñor Agripino Núñez Collado tendrá que prepararse para intervenir en el conflicto en torno al centro de cómputos de la Junta Central Electoral (JCE). Gracias a su mediación en aquella ocasión la crisis se zanjó con la designación del hoy renunciante Miguel Angel García como director de informática. El Partido de la Liberación Dominicana (PLD) había objetado, por falta de confianza, al ingeniero Franklin Frías como encargado del organismo. Pero en esta ocasión los papeles se han invertido. Ha sido el candidato opositor Hipólito Mejía quien le ha pedido a Núñez Collado que intervenga para buscar una solución a la crisis en el centro de cómputos. El Partido Revolucionario Dominicano (PRD) no confía en Frías como gerente de informática. El presidente de la JCE, Roberto Rosario, propuso mantenerlo en el cargo, pero con dos subgerentes que serían designados por los partidos políticos. Ante el tranque, la salida puede estar en la mediación encabezada por Núñez Collado.
