La Pontificia Universidad Autónoma de Santo Domingo fue fundada por la Bula In Apostolatus Culmine, expedida en Roma por Su Santidad el Papa Pablo III, el 28 de octubre de 1538; previa solicitud de los religiosos dominicos del Real Convento de Santo Domingo de la Isla Española, en cuyo Beaterio se había de realizar la fundación.

Erigida con los mismos privilegios de las universidades de Salamanca y Alcalá de Henares, la Pontificia Universidad Autónoma de Santo Domingo es la primera presencia de una institución de educación superior en tierras americanas. Fue un foco de irradiación y de intercambio con las otras universidades que se fueron fundando, tanto en las Antillas como en tierra firme. Entre sus egresados figuran el primer rector de la Universidad de San Jerónimo de La Habana y el primero de la Universidad Santa de Caracas, ambas instituidas conforme al modelo de la de Santo Domingo.

Aquella primera familia universitaria fue una comunidad contestataria que elevó su voz de protesta contra los abusos de los encomenderos. Sus primeros catedráticos y alumnos se constituyen en defensores de los indios y en difusores del derecho de gentes, cimentado por Francisco de Vitoria en Salamanca. Hoy, la Universidad Primada de América es el escenario para todas las reivindicaciones del pueblo dominicano. En su ánimo aún vibra la actitud crítica e intrépida de Fray Antonio de Montesinos y de otros de sus iniciadores.

El original de la Bula fundacional de la Pontificia Universidad Autónoma de Santo Domingo se perdió cuando los marinos que acompañaban al corsario inglés Francis Drake incendiaron la biblioteca del Real Convento de los Dominicos. Su copia primigenia se extravió cuando Napoleón ordenó el traslado de los tomos de Bulas del Archivo Vaticano, perdiéndose entre ellos el tomo en que se hallaba la copia directa primigenia de la Bula In Apostolatus Culmine.

A pesar del hecho histórico e irrefutable de una Universidad formando juventudes y expidiendo títulos reconocidos tanto en España como en América, sin contradicción ni oposición por parte de ninguna autoridad, la pérdida de su documento fundacional dio pie para que algunos historiadores negaran su autenticidad y pusieran en tela de juicio su valor jurídico. También, a que las Universidades de San Marcos de Lima y de México recabaran la primacía fundacional universitaria de América.

El investigador dominico Padre Vicente Beltrán de Heredia, catedrático de la Universidad de Salamanca, después de una búsqueda en los fondos del Archivo Vaticano, encontró en el año 1951, en el Inventario de Bulas Perpetuas de Pablo III, la partida o registro correspondiente a la Bula In Apostolatus Culmine, prueba de que ésta había sido aprobada y despachada.

También encontró la solicitud de los dominicos dirigida al Papa para que su Estudio General del Real Convento de La Española fuera elevado a la categoría de Universidad. En 1959, el historiador dominicano César Herrera encontró en el Archivo de Indias de Sevilla la copia legalizada de la Bula In Apostolatus Culmine que data de 1542, la más antigua que se conserva. Una copia de ésta hoy se exhibe en el Museo Histórico de la UASD. Los trabajos de esos investigadores han sido difundidos por toda América por Sor Águeda María Rodríguez Cruz, catedrática de la Universidad de Salamanca y doctora Honoris Causa de nuestra Pontificia Universidad Autónoma de Santo Domingo, Primada de América.