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Por posibles ataques de piratas y corsarios, los colonos españoles se vieron en la necesidad de construir en la Zona Colonial, una muralla que sirviera de marco de defensa y protección.

La fortificación, cuya construcción duró cerca de 200 años, comenzó a levantarse en el año 1543.
No obstante esta barrera estar en proceso, en 1586 el pirata inglés Francis Drake asaltó la ciudad, se adueñó de alimentos, bienes y arruinó las edificaciones existentes en la época.

Otro gran ataque sufrió la ciudad en 1655, con una flota inglesa comandada por el almirante William Penn y el capitán Venables. Tenían el mismo propósito de Drake.

Los ingleses fueron derrotados por lo que Penn y Venables decidieron ir a la conquista de Jamaica.
Para esa ocasión la muralla no estaba terminada, pero el ataque fue repelido con éxito por las tropas del capitán general Bernandino de Meneses Bracamonte y Zapata, conocido como Conde de Peñalba.
Con una extensión perimetral que comprende la calle Palo Hincado, Juan Isidro Pérez y parte de la avenida Mella, la muralla se comenzó a construir durante el virreinato de Diego Colón, hijo de Cristóbal Colón, el descubridor de América.

Su principal puerta es la de la Misericordia, que es memorable por ser el lugar donde Mella disparó el trabucazo que inició la separación dominicana en 1844.

El diseño y la construcción de este monumento son obras del arquitecto Rodrigo de Liendo.
Durante las excavaciones arqueológicas hechas por la antigua Oficina de Patrimonio Cultura, en la Puerta de la Misericordia en el año 1980 fueron redescubiertos dos fortines semielípticos que la flanqueaban.

En el período colonial, esta puerta servía como acceso a la gran sabana del sur, y conectaba con el fortín de San Jerónimo y las minas de oro en Haina. Militarmente se encontraba protegida por el Fuerte de San Gil.
La Puerta de la Misericordia es de un diseño sobrio y de estilo renacentista. Según algunos, su nombre se debe a que después de un fuerte terremoto en el año 1842, la misma sirvió como punto de encuentro para pedir misericordia a Dios.

Otra puerta importante de la muralla, es la del Conde, originariamente llamada Bastión de San Genaro.
Hacia ese lugar marcharon los Trinitarios tras el trabucazo de Ramón Matías Mella.

Esta puerta sirvió de frontera entre la parte sur de la ciudad y los barrios o concentraciones semirrurales del siglo XVI. Se convirtió en baluarte en 1568 y sirvió como línea de defensa de la ciudad.